Pada awalnya Dinas Kebersihan dan Pertamanan Kota Samarinda sebelum tahun 1978 masih bergabung dengan Dinas Pekerjaan Umum Kotamadya Tingkat II Samarinda sebagai Seksi Kebersihan. Pada tahun 1979 Dinas Kebersihan dan Pertamanan Kotamadya Tingkat II Samarinda dibentuk berdasarkan Perda Nomor 17 Tahun 1979 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kebersihan dan Pertamanan Kotamadya tingkat II Samarinda.

Selanjutnya Dinas Kebersihan dan Pertamanan (DKP) menjadi Dinas Kebersihan Pertamanan dan Pemakaman (DKPP) dibentuk berdasarkan Perda Nomor 13 Tahun 1991 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kebersihan Pertamanan dan Pemakaman Kotamadya Tingkat II Samarinda.

Perda Nomor 03 Tahun 2001 tanggal 23 pebruari 2001 tentang Pembentukan Susunan dan Tata Kerja Kantor Kebersihan Pertamanan dan Pemakaman Kota Samarinda merubah DKPP menjadi Kantor Kebersihan Pertamanan dan Pemakaman (KKPP).

Kemudian Perda Nomor 40 Tahun 2004 tanggal 09 Agustus tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kebersihan dan Pertamanan Kota Samarinda menjadikan status KKPP menjadi Dinas Kebersihan dan Pertamanan (DKP), dimana seksi Pemakaman dipindahkan ke Kantor Kesejahteraan Sosial Kota Samarinda dan sebagaimana tertuang dalam Perda Nomor 11 tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Kota Samarinda. Pada Tahun 2009 Urusan Pemakaman bergabung kembali dalam Bidang Pertamanan dan Lampu Penerangan Jalan Umum (LPJU) pada Seksi Pertamanan pada Dinas Kebersihan dan Pertamanan Kota Samarinda.

Lalu pada tahun 2016 berdasarkan Peraturan Daerah Kota Samarinda Nomor 4 Tahun 2016 dan Peraturan Wali Kota Samarinda Nomor 34 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Lingkungan Hidup meleburkan antara DKP beserta Badan Lingkungan Hidup (BLH) menjadi Dinas Lingkungan Hidup (DLH).

Pada tahun 2018 berdasarkan Peraturan Wali Kota No. 51 Tahun 2018 urusan pertamanan bergabung ke Dinas Lingkungan Hidup